近年來食物安全已成為世界性重大議題。新鮮水產品因微生物的活動而腐敗，并且還可能攜帶多種病菌。食物腐敗能造成巨大的經濟損失，另外還是健康的隱患。這樣就要求水產加工業采取有效措施對加工區域、設備以至于水產品本身進行消毒。近年來，在水產加工業臭氧作為消毒劑的地位已大大增強。由于病毒性疾病已是世界水產養殖業和漁業的重大難題，臭氧殺滅病毒的特性今后無疑會受到業界的重視。總之，能使魚致病的細菌都對水中殘留的臭氧高度敏感。
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在魚的致病性病毒中，其對臭氧的高敏感性也有廣泛報道。這也適用于具有高抗UV，即IPNZ和WSBV的病毒，對此問題已有多位學者的著述。多項研究結果表明，臭氧也可用于水產養殖的循環水水質改善、清洗受精卵，在海水孵化場的生產中用于減少或消滅活食（如輪蟲）可能攜帶的病菌。在對養魚場的水加臭氧的實際操作中，很重要的一點是臭氧的量必需充足，要計入與有機物和其他化合物起反應而損失的臭氧，以求達到充足的臭氧殘留濃度和維持必要的消毒時間。劇毒性據Wedemeyr與其同事1979年的一項研究，由于殘留臭氧對水生動物有劇毒，必需安裝一套除臭氧裝置。在多數情況下只要在充臭氧后過幾分鐘其殘留就消失了，或使用很微量的一種除臭氧劑，或作活性碳過濾。咸水或海水充臭氧時會形成較多的長效反應物。
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所有和循環水接觸的地方都是這個情況。此后臭氧系統很快成為拖網漁船上的標準配置。現在臭氧已用于水產品加工和漁業上，其中有：
1、拖網漁船——海水經臭氧處理后循環流經RSW罐和循環系統，因此同各表面接觸而起清潔作用。
2、活魚運輸——這時必需非常清潔以防止病菌侵害。使用經臭氧處理的海水可化解水池和循環系統中的污染物，并根據實際要求予以消毒，以降低病菌和病毒擴張的危險。
3、加工廠——經臭氧處理的海水或淡水用于對盛魚罐、冷藏罐和RSW系統的清潔和消毒。經臭氧處理的海水還可用于對加工場所、設備和管道的清潔和消毒。
4、魚孵化場的用水消毒。
5、廢水處理——水產養殖和魚品加工的廢水。這種廢水處理系統必需根據各種法規定制并采取綜合措施，如過濾，漂浮與分離以及臭氧處理。
6、臭氣——臭氧已多次成功地用于處理魚或廢棄物發出的臭氣。臭氧的用途很多，其要點是必須根據每一個案的具體情況設計最佳方案。另一要點是在設計時應納人必要的安全措施。
